Kegiatan ekstrakurikuler merupakan kegiatan penunjang di SD Muhammadiyah Kebumen sebagai suplemen dalam pendidikan untuk meningkatkan kecerdasan dan keterampilan murid sesuai dengan bakat dan minat serta kompetensi lainnya.
Dalam rangka mengembangkan bakat, minat, dan kompetensi siswa dalam bidang non akademik, maka sekolah menyelenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler. Sesuai dengan karakteristik sekolah dan kebutuhan murid, maka SD Muhammadiyah Kebumen memilih kegiatan ekstrakurikuler sebagai berikut:
1) Hizbul Wathan:
Tujuan dari ekstrakurikuler ini adalah Mempersiapkan murid agar memiliki sikap kepemimpinan, kebhinekaan global, kemandirian, kreatif, disiplin, tanggungjawab dan semangat nasionalisme.
2) Olahraga:
Ekstrakurikuler Olahraga SD Muhammadiyah Kebumen meliputi: Panahan, TSPM, Renang, Futsal, Robotik & Roket Air
Tujuan ekstrakurikuler olahraga adalah mempersiapkan murid dalam mengembangkan dan meningkatkan kemampuan olah raga pencak silat, tenis meja dan renang dengan karakter yang mandiri dan gotong royong.
3 Kesenian:
Ekrakurikuler Kesenian SD Muhammadiyah Kebumen adalah: Seni Tari. Tujuan ekstrakurikuler seni Tari adalah Mempersiapkan murid dalam mengembangkan dan meningkatkan kemampuan seni Tari yang berkarakter kebhinekaan global, mandiri dan kreatif serta meningkatkan ketakwaan kepada tuhan Yang Maha Esa.
4) UKS dan Dokter Kecil :
Tujuannya adalah mempersiapkan murid agar memiliki sikap yang mengutamakan kebersihan sebagian daripada iman yang mengembangkan nilai ketakwaan kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia dalam kemandirian, bergotong royong, bernalar kritis dan kreatif dalam menjadi agen pelopor cinta kebersihan dan kesehatan.
5) Ketrampilan :
Ekstrakurikuler Ketrampilan SD Muhammadiyah Kebumen adalah Prakarya dengan memanfaatkan bahan bekas. Tujuannya adalah Mempersiapkan murid dalam mengembangkan dan meningkatkan kreativitas, inovatif dan peduli lingkungan
6) Jurnalistik:
Tujuannya adalah Menumbuhkembangkan skill siswa dalam bidang kepenulisan, jurnalistik, fotografi, desaingrafi dan videografi. Membantu publikasi dan peliputan kegiatan-kegiatan sekolah.Rencaana kegiatan jurnalistik akan meliput Geopark dan merangkumnya menjadi sebuah mading sekolah yang akan di display di geopark corner SD Muhammadiyah Kebumen.



