Dalam upaya mengimplementasikan visi sekolah, SD Muhammadiyah Kebumen menjabarkan misi sekolah sebagai berikut:
a. Mewujudkan murid yang unggul dalam IMTAQ dan IPTEK;
b. Menanamkan prinsip dasar ajaran hidup Islam secara utuh.
c. Terlaksananya kegiatan belajar mengajar yang kreatif, inovatif dan menyenangkan;
d. Melakukan pembinaan bakat dan mengembangkan kreativitas murid;
e. Membina murid yang berkepribadian utuh, mandiri, mampu bekerjasama dan terampil serta bertangung jawab;
f. Meningkatkan kualitas seluruh sumber daya sekolah dan menumbuhkan sikap cinta tanah air.
g. Berwawasan lingkungan mewujudkan lingkungan yang asri, nyaman dan aman.
